Historie školy v Miloticích sahá až do 17. století, kdy se o ní objevuje první písemná zmínka. Už v té době ji navštěvovali kromě milotických dětí také žáci z Vlkoše, Skoronic, Vacenovic a Mistřína. Tenkrát však budova školy stála u zámecké zahrady, tedy na opačném konci vesnice,  než  je  situována  dnes. V průběhu  staletí  se  pak měnil nejen způsob výuky a vybavení budovy, ale i škola samotná se stěhovala. Na místě, kde stojí dnes, se začala stavět začátkem ledna 1959 a slavnostně otevřena byla 7. února 1960. Měla tenkrát 13 učeben, speciální dílnu, 5 kabinetů, sborovnu, ředitelnu i provozní místnosti. Později pak byla rozšířena o tělocvičnu, jídelnu s kuchyní, skleník, cvičnou kuchyňku a školní družinu.

Největšími   změnami   však   naše   škola   prochází   v    posledních     letech.    Přestavba a modernizace budovy i jejího vybavení si už vyžádaly nemalé finanční náklady,   které bylo   možno  zajistit  především díky dobrému  hospodaření  školy a vstřícnosti a výborné spolupráci s obcí.

Ve školním roce 2000/2001 tak bylo možno zprovoznit například školní fitcentrum. Novou moderně vybavenou posilovnu mohou využívat nejen žáci a zaměstnanci školy, ale také sportuchtiví občané. Jen o pár měsíců později pak byla slavnostně otevřena nová počítačová učebna se čtrnácti moderními počítači a internetem, která je využívána nejen pro výuku informatiky, ale i ostatních předmětů. Kvalitní vyučování vyžaduje využívání moderních materiálních didaktických pomůcek, a tak byla učebna s pomocí sponzorů vybudována ještě před  zahájením   celostátního   projektu   Internet   do   škol. Zaměstnancům   školy  je  dnes k dispozici  řada odborných  kabinetů, nová sborovna a kancelář pro administrativu.

K výrazným úpravám docházelo také v okolí školy. V rámci celkového plánu oživení ploch a výsadby stromů byl vypracován odborný projekt, jenž byl realizován ve školním roce 2002/2003. Jeho součástí bylo pokácení topolů, které ve školní zahradě rostly už padesát let. Kácely se staré stromy a keře, které byly nahrazeny nově vysázenými dřevinami, budovalo se školní hřiště, zveleboval se školní pozemek s políčkem, který se především v průběhu posledních několika let změnil k nepoznání. V lednu 2004 byla navíc zprovozněna školní ubytovna, která nabízí možnost bydlení ve třech pokojích s kuchyňkou a sociálním zařízením.

Od roku 2003 se stala součástí milotické základní školy také škola mateřská, čímž vznikl právní subjekt Základní škola a mateřská škola Milotice. Školku v Miloticích, tak jak ji dnes známe, navštěvovaly děti od listopadu 1977, kdy byla slavnostně otevřena její nová budova.   Na      svou      dobu     byla dobře    vybavena,    postupně     však     byla   dovybavována a upravována z finančních prostředků obce a darů a výtěžků různých akcí. Během posledních pěti let došlo kromě oprav a modernizace budovy a jejího okolí také k výstavbě obecních bytů, které se staly součástí objektu.

V roce 2004 se projevil havarijní stav střech, který způsoboval zatékání do tělocvičny a tříd. Podařilo se získat finanční prostředky a práce se mohly rozběhnout. V témže roce byl připraven projekt a veškerá dokumentace potřebná k zahájení stavby.Investiční akce byla rozdělena do tří etap.
V  I. etapě, která byla dokončena v lednu 2005, byla opravena střecha, vyměněn strop a elektroinstalace v tělocvičně. Také hlavní budova dostala novou střechu. Koncem října 2004 byla zahájena výměna oken ve vestibulu a v zadní traktu školy. Následovala výměna oken a dveří v budově jídelny a prvního stupně, byl instalován záložní kotel a položeny nové podlahy v některých třídách. Na odvod vody ze střech byla vybudována nová kanallizace.
Všechny stavební práce probíhaly za plného provozu.

    Ve školním roce 2006/7 byla dokončena II. etapa rekonstrukce školy. Byla provedena kompletní výměna elektroinstalace v hlavní budově, zasíťování počítačové učebny, kabinetů, kanceláří a sborovny. Byla rozšířena telefonní ústředna, vyměněny rozvody pro rozhlas a kabelovou televizi. Následně byla škola vymalována. Ve dvou učebnách byly vyměněny podlahy.
V jarních měsících byla zateplena  budova školní jídelny a zapravena novou fasádou. V květnu došlo i na úpravu školního hřiště.
1.6.2007 bylo slavnostně otevřeno nové, víceúčelové  hřiště s umělým povrchem.
Před začátkem  nového školního roku  bylo nutno malovat sociální zařízení.
    V září 2007 byl zjištěn havarijní stav hlavního přívodu vody pro školu pod  školní kuchyní. Po dohodě s obecním úřadem a finančním zajištění byla oprava naplánována na podzimní prázdniny. Hlavní potrubí bylo vyměněno až po rozvody, zrušen bojler 2000/7500 w a nahrazen novým 200 / 2000W. Práce provedla firma MSO.
Další neplánovanou ale nutnou akcí bylo  napojení ubytovny na kanalizaci.
V září 2007 bylo dáno do užívání 9 bytů obce Milotice postavených nad stravovacím zařízením.

Od roku 2007 škola a její okolí prošly řadou změn. Hlavní budovu ozdobila nová fasáda. Areál za budovou školy neuvěřitelně prohlédl. Kromě dětského a víceúčelového hřiště zde vznikla na místě původní školní zahrady zahrada nová. Krásná a moderní zahrada slouží nejen k výuce pěstitelství, ale najdeme zde také učivo jiných předmětů převedené do praxe, jako např. metr čtvereční, Pythagorovu větu, směrovou růžici…, které vytvořili sami žáci pod vedením svých vyučujících. Velmi výraznou změnou bylo přestěhování celé mateřské školy do budovy základní školy. Nad školní jídelnou vznikly po spoustě náročných stavebních úprav tři útulné třídy pro naše nejmladší.  S tím souvisely také rozsáhlé přesuny tříd, kabinetů, školní družiny, knihovny a cvičné kuchyně. Proto byla také nedávno vybudovaná zahrada obohacena o nové hrací prvky především z přírodních materiálů. Moderní výuka vyžaduje moderní pomůcky, proto byly ve většině tříd nainstalovány interaktivní tabule. Místo dvou menších počítačových učeben vznikla jedna učebna, vybavená novým nábytkem a počítači. K posledním počinům patří modernizace šaten, kdy byly původní klecové šatny nahrazeny uzamykatelnými šatními skříňkami. Během letních prázdnin došlo k renovaci sociálního zařízení školy. Ve školní jídelně se začal používat čipový objednávkový systém propojený na internet. Zvelebování a modernizace školy i jejího okolí tímto ale rozhodně nekončí.